60 ปีก่อนมีอุกกาบาตพุ่งชนโลก และพื้นผิวของโลกก็ถูกยึดครองโดยกลุ่มคนที่รู้จักในนาม “อิโดรอน” ซึ่งมีความสามารถในการควบคุมหุ่นยนต์ยักษ์อันทรงพลังที่เรียกกันว่า “ชาโดว์” พวกมันเป็นสิ่งอันตรายและทำให้เกิดความเสียไปหายไปทั่วโลก “ลีฟา” เด็กสาววัย 14 ปี ซึ่งสูญเสียความทรงจำและอาศัยอยู่ในร้านอาหารสำหรับครอบครัว กลับมีบันทึกที่เธอไปเกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ชาโดว์บุกจู่โจมเครื่องบินโดยสารจนผู้คนบนเครื่องเสียชีวิตทั้งหมด ลีฟากลายเป็นผู้ต้องสงสัยหลักในเหตุการณ์นี้ โดยมีทั้งรัฐบาลสหรัฐฯและองค์ลับได้ขึ้นบัญชีดำและออกตามไล่ล่าลีฟาผู้น่าสงสาร ในตอนแรกลีฟาหมดหวังที่จะรอดชีวิตจากเหตุการณ์อันตรายที่เกิดขึ้น แต่จู่ๆ ก็โชคดีมีหญิงสาวปริศนาปรากฏตัวมาเพื่อช่วยเหลือเธอ

เรื่องราวของวันแสนพิเศษที่มีแค่ปีละครั้ง

ซาโนะสุเกะ ซาราคิ นักศึกษามหาวิทยาลัยผู้ยากจน บังเอิญได้กลับมาเจอกับ “โคบาจิ โคฮารุ ” อดีตเพื่อนร่วมชั้นอัจฉริยะที่เขาเคยชื่นชม ในสมัยเรียนมัธยมปลาย แต่ใครจะไปคิดกันล่ะว่าเด็กสาวอัจฉริยะคนนั้น ยังเรียนไม่จบชั้นมัธยม และซ้ำชั้นมาหลายปีติดกันแล้ว…!? ภารกิจของซาราคิคือ “ต้องทำให้โคฮารุเรียนจบภายในปีนี้ให้ได้” เรื่องราวชีวิตวัยรุ่นอบอุ่นหัวใจ ของชายหนุ่มที่ต้องมาใช้ชีวิตใต้ชายคาเดียวกันกับสาว ม.ปลาย อายุ 20!

หลังเหตุการณ์ Operation Stardust ที่นำไปสู่การก่อตั้ง Titans โลกเข้าสู่ช่วงเวลาที่สหพันธ์โลกเพิ่มอำนาจให้กับหน่วยทหารพิเศษนี้ ภายใต้คำขวัญของ “การล้าง Zeon” หน่วย Titans ได้จัดตั้ง “หน่วยทดลองพิเศษ” (Titans Test Team – TTT) ขึ้นมา เพื่อพัฒนาและทดสอบ Mobile Suit รุ่นใหม่ ตัวเอกของเรื่องคือ ล้อยด์ บรานิ (Lt. Wes Murphy) และนักบินทดสอบคนอื่น ๆ ที่ประจำอยู่ในทีม Titans Test Team พวกเขาทำภารกิจต่อสู้กับกองกำลัง Neo Zeon (Zeon ที่หลบหนี) และกลุ่มต่อต้านอื่น ๆ พร้อมทดสอบ MS รุ่นต้นแบบอย่าง Hazel ซึ่งเป็นจุดเริ่มของสายพัฒนาที่ต่อมาเชื่อมโยงไปถึง Zeta Gundam