คืนหนึ่งในยามดึก ยามาโมโตะ นักศึกษาหนุ่มที่ทำงานพิเศษอยู่ที่ร้านสะดวกซื้อ ได้พบกับ ฮายาชิ เมงุมิ เพื่อนร่วมชั้นสมัยมัธยมปลายที่เคยเป็นสาวงามอันดับหนึ่งของห้องอีกครั้ง ยามาโมโตะไม่ชอบและไม่ถูกกับเธอ ผู้ซึ่งถูกเรียกว่า “ราชินี” เพราะนิสัยที่ชอบเอาชนะและหยิ่งยโส แต่ระหว่างที่ทั้งสองกำลังพูดคุยกันตามธุระนั้น เขาก็สังเกตเห็นรอยฟกช้ำที่ดูเจ็บปวดบนข้อมือของเธอ หลังจากที่รู้ว่าเธอถูกคนรักทำร้าย ยามาโมโตะจึงตัดสินใจให้ฮายาชิมาหลบซ่อนตัวอยู่ที่บ้านของเขา…!?

หลังเหตุการณ์ Operation Stardust ที่นำไปสู่การก่อตั้ง Titans โลกเข้าสู่ช่วงเวลาที่สหพันธ์โลกเพิ่มอำนาจให้กับหน่วยทหารพิเศษนี้ ภายใต้คำขวัญของ “การล้าง Zeon” หน่วย Titans ได้จัดตั้ง “หน่วยทดลองพิเศษ” (Titans Test Team – TTT) ขึ้นมา เพื่อพัฒนาและทดสอบ Mobile Suit รุ่นใหม่ ตัวเอกของเรื่องคือ ล้อยด์ บรานิ (Lt. Wes Murphy) และนักบินทดสอบคนอื่น ๆ ที่ประจำอยู่ในทีม Titans Test Team พวกเขาทำภารกิจต่อสู้กับกองกำลัง Neo Zeon (Zeon ที่หลบหนี) และกลุ่มต่อต้านอื่น ๆ พร้อมทดสอบ MS รุ่นต้นแบบอย่าง Hazel ซึ่งเป็นจุดเริ่มของสายพัฒนาที่ต่อมาเชื่อมโยงไปถึง Zeta Gundam

เขาเล่ากันว่าบางครั้งวิญญาณปรากฏตัวบนทางข้ามสักที่ในเมือง เด็กนักเรียนมัธยมปลายชื่อ ซาฮาระ ประสบอุบัติเหตุบนทางข้ามนั้น ทําให้ชีวิตของเขาและเพื่อน ๆ เปลี่ยนไปตลอดกาล

ฮิจิริ โทโมอากิ เป็นที่ปรึกษาของมหาลัยแห่งหนึ่ง แต่ชีวิตของเขาเปลี่ยนไปอย่างสิ้นเชิงหลังจากที่ได้กลับมาพบอามาวาชิ ฮาจิเมะ คนที่เขาเคยรู้จักในวัยเด็ก ปัญหาลึกลับที่ผู้ป่วยของเขานำมาให้เขาค่อยๆ เข้ามารบกวนชีวิตประจำวันของเขา เรื่องจริงของปรากฏการณ์ประหลาดที่พวกเขาเข้าไปพัวพันนั้นคืออะไร และจุดประสงค์ที่แท้จริงของฮาจิเมะที่ปรากฏตัวต่อหน้าโทโมอากิอย่างกะทันหันคืออะไรกันแน่?