บนโลกที่ทุกคนเกิดมาเป็นผู้หญิงเเละต้องรอจนถึงอายุ 15ปี จึงจะสามรถเลือกเพศที่บ่อน้ำศักดิ์สิทธิ์ได้ อาเอล เด็กสาวที่พึ่งได้ย้ายมาประจำการที่เเห่งใหม่ผู้ที่มีความฝันที่จะเป็น ริมาจองซ์ นักบินที่มีความสามารถที่มีความสามรถมากที่สุดในการต่อสู้ บนโลกมีสิ่งที่เรียกว่า ซิมูน เป็นยานพาหนะสามรถขึ้นไปได้สองคนมีรูปร่างคล้ายเครื่องบินรบ โดยจะให้หญิงสาวที่ยังไม่ได้เลือกเพศภาวนาเเละขึ้นไปขับเพื่อสู้รบ อาเอลที่ไม่สนอะไรนอกจากการบินบนท้องฟ้าได้พบเหตุการณ์ที่ทำให้เธอเปลี่ยนไป?!

60 ปีก่อนมีอุกกาบาตพุ่งชนโลก และพื้นผิวของโลกก็ถูกยึดครองโดยกลุ่มคนที่รู้จักในนาม “อิโดรอน” ซึ่งมีความสามารถในการควบคุมหุ่นยนต์ยักษ์อันทรงพลังที่เรียกกันว่า “ชาโดว์” พวกมันเป็นสิ่งอันตรายและทำให้เกิดความเสียไปหายไปทั่วโลก “ลีฟา” เด็กสาววัย 14 ปี ซึ่งสูญเสียความทรงจำและอาศัยอยู่ในร้านอาหารสำหรับครอบครัว กลับมีบันทึกที่เธอไปเกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ชาโดว์บุกจู่โจมเครื่องบินโดยสารจนผู้คนบนเครื่องเสียชีวิตทั้งหมด ลีฟากลายเป็นผู้ต้องสงสัยหลักในเหตุการณ์นี้ โดยมีทั้งรัฐบาลสหรัฐฯและองค์ลับได้ขึ้นบัญชีดำและออกตามไล่ล่าลีฟาผู้น่าสงสาร ในตอนแรกลีฟาหมดหวังที่จะรอดชีวิตจากเหตุการณ์อันตรายที่เกิดขึ้น แต่จู่ๆ ก็โชคดีมีหญิงสาวปริศนาปรากฏตัวมาเพื่อช่วยเหลือเธอ

ณ งานนิทรรศการสุขภาพศาสตร์ มิตรภาพอันน่าพิศวงได้เบ่งบานขึ้นระหว่าง อากิฮิโกะ ชายผู้ใฝ่ฝันอยากเป็นแพทย์ทหาร และฮิซาโอะ ผู้ที่มีแขนเทียมเหล็ก อย่างไรก็ดีในทุก ๆ ครั้งที่อากิฮิโกะได้พบกับเขา ร่างกายของฮิซาโอะกลับค่อย ๆ แตกสลายลงท่ามกลางอวัยวะเทียมที่เพิ่มจำนวนขึ้นเรื่อย ๆ … เรื่องราวโศกนาฏกรรมแนววิทยาศาสตร์ย้อนยุคที่ดำเนินไปท่ามกลางความมืดมิดและความสวยงามของการตั้งคำถามถึงความเป็นมนุษย์และเจตจำนง!

หลังเหตุการณ์ Operation Stardust ที่นำไปสู่การก่อตั้ง Titans โลกเข้าสู่ช่วงเวลาที่สหพันธ์โลกเพิ่มอำนาจให้กับหน่วยทหารพิเศษนี้ ภายใต้คำขวัญของ “การล้าง Zeon” หน่วย Titans ได้จัดตั้ง “หน่วยทดลองพิเศษ” (Titans Test Team – TTT) ขึ้นมา เพื่อพัฒนาและทดสอบ Mobile Suit รุ่นใหม่ ตัวเอกของเรื่องคือ ล้อยด์ บรานิ (Lt. Wes Murphy) และนักบินทดสอบคนอื่น ๆ ที่ประจำอยู่ในทีม Titans Test Team พวกเขาทำภารกิจต่อสู้กับกองกำลัง Neo Zeon (Zeon ที่หลบหนี) และกลุ่มต่อต้านอื่น ๆ พร้อมทดสอบ MS รุ่นต้นแบบอย่าง Hazel ซึ่งเป็นจุดเริ่มของสายพัฒนาที่ต่อมาเชื่อมโยงไปถึง Zeta Gundam

เรื่องราวของชายหนุ่มคนหนึ่งที่ได้เล่นเกม “VRMMO” ถ้าตายที่โลกนั้นก็เท่ากับการตายในชีวิตจริง